Thời kỳ trị vì của Ioannes II luôn bị các cuộc chinh chiến liên miên choán hết tâm trí, không như phụ hoàng rất thích thú dự phần vào các cuộc tranh luận thần học và các học thuyết, Ioannes xem ra có vẻ mãn nguyện khi giao lại các vấn đề tôn giáo cho Thượng phụ và giới chức tăng lữ lo liệu. Chỉ khi tôn giáo đụng chạm trực tiếp đến chính sách cai trị của triều đình, như trong mối quan hệ với Tòa thánh La Mã và sự hợp nhất có thể xảy ra giữa giáo hội Hy Lạp và La Tinh, thì Ioannes mới tích cực can thiệp phần nào. Ông còn đứng ra tổ chức vô số lần tranh luận giữa các nhà thần học Hy Lạp và La Tinh.[22]

Ioannes cùng chia sẻ với vợ mình các hoạt động từ thiện và lễ bái, được dân chúng biết tiếng từ việc xây cất Thánh đường được thực hiện trên một quy mô đáng kể, bao gồm công việc xây dựng Tu viện Kitô giáo Pantokrator (Thánh đường Hồi giáo Zeyrek) tại Constantinopolis. Tu viện này, với ba nhà thờ của nó, từng được mô tả là một trong những công trình kiến trúc quan trọng nhất và có ảnh hưởng nhất thành Constantinopolis của Đông La Mã thời Trung cổ. Kèm theo tu viện là một nhà tế bần trên 5 khu phố, mở cửa dành cho mọi người thuộc đủ các tầng lớp xã hội khác nhau. Nhà tế bần này nằm dưới sự điều hành các y sĩ thế tục được đào tạo thay vì giao cho giới tu sĩ. Tu viện còn được dùng làm lăng mộ cho nhà Komnenos.[23][24]

Vụ đàn áp rất tích cực các tín đồ theo dị giáo Paulicia và Bogomil là nét chính trong những năm cuối đời Alexios I.[25] Không có tài liệu nào dưới thời Ioannes đề cập đến vụ đàn áp này, mặc dù những biện pháp đối phó với dị giáo của Giáo hội Đông La Mã vẫn còn có hiệu lực. Một hội nghị tôn giáo thường trực ở Constantinopolis đã tiến hành điều tra các tác phẩm của một tu sĩ quá cố tên là Konstantinos Chrysomallos từng một thời được lưu hành khắp các tu viện nhất định. Thượng phụ Constantinopolis là Leon Styppes đã ra lệnh thiêu hủy những tác phẩm này vào tháng 5 năm 1140, dựa trên cơ sở giúp chúng kết hợp các yếu tố tín ngưỡng và tập tục của giáo lý Bogomil.[26] Một trong số ít thành viên của hoàng tộc được Ioannes cất nhắc vào vị trí quan trọng chính là người em họ Adrianos Komnenos (con người anh của Ioannes là sebastokrator Isaakios). Adrianos đã trở thành một tu sĩ và tháp tùng hoàng đế trong cuộc chinh phạt năm 1138. Ngay sau đó Adrianos được bổ nhiệm làm Tổng giám mục Tổng giáo phận Bulgaria. Bulgaria là một là autocephalus (giáo phận không thuộc phạm vi quản lý của tổng giám mục) nhận thấy cần phải có một người đàn đầy uy tín đứng ra làm Tổng giám mục xứ này.[27]